Valsts heraldikas komisija 2003. gada 16. decembrakomisijas sēdē izskatīja un apstiprināja Arta Zvirgzdiņa veidoto Madonas pilsētas karoga zīmējumu.

Karoga apraksts 
Madonas pilsētas karogs ir taisnstūra audums ar platuma un augstuma proporcijas attiecību 2:1. Diagonāle sadala karogu divos trijstūros, no kuriem apakšējais ir zaļā, bet augšējais – baltā krāsā. Karoga vidū vēsturiskais Madonas pilsētas ģerbonis. Ģerboņa augstums ir 1:2 no karoga augstuma; karoga izmēri – 1x 2m; ģerboņa augstums – 50 cm.

Karoga skices autora Arta Zvirgzdiņa Madonas karoga idejas pamatojums 
Devīze: Zaļais un baltais
Zaļais un baltais – tās ir divas krāsas, kas latviešu dzīvesziņā un simbolu sistēmā kopā nozīmē gada noslēgto ciklu, vienlaikus tās ir dabas krāsas.
Madona ir pilsēta, kuras tēls nav iedomājams bez kokiem un parkiem, par zaļu šo pilsētu uzskata ne tikai tās iedzīvotāji. Savukārt ziemā Madona ir viena no tām Latvijas pilsētām, kurā parasti sniega ir visvairāk, un tas turas visilgāk.
Madona atrodas novadā, kur Vidzemes augstiene pāriet līdzenumā, pati pilsēta atrodas uz kalna nogāzes, ko visvairāk izjūt, pārvietojoties pa vienu no tās galvenajām ielām – Raiņa ielu. Šo kalnu un nogāzi karogā simboliski atspoguļo tā diagonālais dalījums. Vienlaikus krāsas – zaļā un baltā – nozīmē arī zemi un debesis.